[R] Forced inclusion of varaibles in validate command as well as step

[D. Lofaro]

Dear prof. Harrell,

I'm not able to use the force option with fastbw, here an example of the error I've got (dataset stagec rpart package):

> fitstc <- cph(Surv(stagec$pgtime,stagec$pgstat) ~ age + eet + g2 + grade + gleason + ploidy, data=stagec)
> fbwstc <- fastbw(fitstc,rule="aic",type="individual")
> fbwstc

 Deleted Chi-Sq d.f. P      Residual d.f. P      AIC
 eet     0.19   1    0.6610 0.19     1    0.6610 -1.81
 age     0.74   1    0.3889 0.93     2    0.6266 -3.07
 gleason 1.91   1    0.1673 2.84     3    0.4167 -3.16

Approximate Estimates after Deleting Factors

           Coef    S.E. Wald Z         P
g2     -0.03498 0.01843 -1.898 5.774e-02
grade   1.71963 0.35008  4.912 9.012e-07
ploidy  0.66700 0.25084  2.659 7.836e-03

Factors in Final Model

[1] g2     grade  ploidy
> fbwstc <- fastbw(fitstg,rule="aic",type="individual",force=2)
Warning message:
In fastbw(fitstg, rule = "aic", type = "individual", force = 2) :
  force probably does not work unless type="individual"
> fbwstc

Parameters forced into all models:
 eet

 Deleted Chi-Sq d.f. P      Residual d.f. P      AIC
 age     0.72   1    0.3960 0.72     1    0.3960 -1.28
 eet     0.21   1    0.6432 0.93     2    0.6266 -3.07
 gleason 1.91   1    0.1673 2.84     3    0.4167 -3.16

Approximate Estimates after Deleting Factors

           Coef    S.E. Wald Z         P
g2     -0.03498 0.01843 -1.898 5.774e-02
grade   1.71963 0.35008  4.912 9.012e-07
ploidy  0.66700 0.25084  2.659 7.836e-03

Factors in Final Model

[1] g2     grade  ploidy

Sorry if I bother you

best regards

Danilo Lofaro
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct te informeren door het bericht te retourneren. Het Academisch Medisch Centrum is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W. (Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij de Kamer van Koophandel voor Amsterdam onder nr. 34362777. De Algemene Inkoop Voorwaarden van het AMC zijn van toepassing op en maken integraal onderdeel uit van alle rechtsbetrekkingen, daaronder mede verstaan alle inkoop opdrachten en overeenkomsten, tussen AMC en derden. Deze voorwaarden zijn te raadplegen op www.amc.nl en worden op verzoek toegezonden.

________________________________

This message may contain confidential information and is...{{dropped:10}}